События игры происходят после окончания Mortal Kombat: Armageddon. Поле битвы усеяно мёртвыми бойцами. На вершине пирамиды остались двое — Шао Кан и Рейден. Император побеждает Рейдена — он швыряет его в сторону, и у Рейдена разбивается медальон. Рейден успевает собрать осколки амулета и заложить в них заклинание, в то время как Шао Кан доставал молот, чтобы нанести финальный удар. Кан ставит Рейдэна на колени и замахивается молотом, но Рейден, завершив заклинание, посылает сообщение самому себе в прошлое: «Он должен победить!», прежде, чем молот Императора опускается на него. Сообщение успешно дошло до Рейдена в то время, когда начинался первый турнир (На нём появляются многие персонажи из всей трилогии и даже Куан Чи, что является ретконом). Получив его, Рейдэн оказывается в недоумении, потому что на медальоне появилась трещина. После этого вся сюжетная линия от начала первого турнира идет по совершенно иному пути. Пред Рейденом предстают видения, по которым он узнаёт, что произойдёт в будущем, и пытается изменить его.

Каждый член турнира преследует свои цели: Соня Блейд старается спасти Джакса, ранее схваченного людьми Шан Цзуна, Скорпион хочет отомстить Саб-Зиро и так далее, но несмотря на различные мотивы, герои Земли одерживают победу за победой в турнире. Лю Кан, шаолиньский монах под руководством Рейдена, сражается с лучшими воинами Внешнего Мира на турнире, получая возможность сразиться с чемпионом Горо. Воин Земли побеждает его, что выводит из себя Шан Цзуна. Маг лично вступает в бой с монахом, но проигрывает. Земное Царство побеждает в турнире, а силы Внешнего Мира отступают. Лю Кан становится чемпионом. Тем не менее амулет Рейдена по прежнему трескается.

Шао Кан решает убить Цзуна за провал на турнире, но маг предлагает новый план — устроить второй турнир, но уже во Внешнем Мире. Кан дарует Цзуну молодость, и тот атакует шаолиньский монастырь вместе с армией таркатанов — расы Бараки. Не видя другого выхода, Рейден и воины Земли принимают бой. Но и здесь всё идёт не так гладко. Воины Внешнего Мира пытаются покончить с Земными воинами вне турнира, что им отчасти удаётся. Ряды борцов Земли ослаблены, но турнир ещё не окончен. Рейден же всё размышляет над теми словами, «Он должен победить!», не зная, о ком они. Он решает выставить на последний бой Кун Лао, но после победы над Кинтаро, празднующий Лао гибнет от рук Императора. Лю Кан решает отомстить за своего друга и сражается с Шао Каном. Нанеся смертельный удар, Лю Кан побеждает в новом турнире и убивает Шао Кана. Но амулет Рейдена продолжает трескаться.

Тем временем выясняется, что Кан не убит. Он окончательно усомнился в лояльности Цзуна, чем пользуется Кван Чи. Он предлагает Императору воскресить его давно погибшую королеву Синдел на Земле, благодаря чему миры начинают сливаться. Таким образом, души погибающих борцов-защитников Земли попадают в руки Шао Кана. Рейден вновь собирает обновлённый отряд бойцов для противостояния захватчикам. Воинам удаётся ослабить силы Внешнего Мира и остановить поглощение душ. Однако в склепе, бывшем их основной базой, на них нападают многочисленные киборги Лин Куей. За небольшое время до этого Рейден и Лю Кан отправляются к Старшим Богам за советом, но не получают его. К их возращению все воины Земли уже избиты или убиты Синдел, усиленной душой Шан Цуна. Саму же Синдел убивает ценой своей жизни Ночной Волк.

Лю Кан, Соня и Джонни Кейдж, выжившие при атаке, отправляются на бой с Шао Каном. Рейден решается на отчаянный шаг: попросить помощи у Куан Чи и отправляется в его логово. Маг натравливает на Рейдена призраков воинов Земли, убитых во время боя с Синдел, чьи души находятся в распоряжении колдуна. Победив их, Рейден получает ответ: высказывание «Он должен победить!» относится к Шао Кану, так как только когда Кан будет близок к победе, Боги остановят его за нарушение своих законов о честной «турнирной» войне между мирами.

Рейден добирается до портала на крыше одного из зданий, где Кан проходит процесс перехода в наш мир. Лю Кан уже не верит Рейдену и хочет сам победить Императора. Рейден вынужден оказать ему сопротивление. Во время битвы Лю Кан использует огненный кулак против молнии Рейдена, что убивает чемпиона предыдущих двух турниров. В это время прибывает Император. Соня и Джонни пытаются оказать ему сопротивление, но тот просто раскидывает и так измученных бойцов. Повторяется сцена из начала игры, где Кан избивает Рейдена и готовится произвести Fatality. Но, как только Император заносит молот для удара, Старшие Боги дают Рейдену силы для победы над нарушителем правил Смертельной Битвы. Рейден сражается с Императором и побеждает. Используя силы Старших Богов, Рейден окончательно изгоняет его из нашего мира. Рейден, Соня Блейд и Джонни Кейдж телепортируются в безопасное место вместе с телом Лю Кана. В этот момент появляется Куан Чи, поднимающий шлем Кана и общающийся с находящимся в заточении падшим богом Шинноком. Выясняется, что события первых трёх турниров отчасти были планами колдуна и падшего бога по захвату миров. Шиннок говорит, что уже набирается силы, чтобы избавится от заточения и сокрушить и Земное Царство, и Внешний Мир.